W 1913 roku przeniesiona na obecne miejsce z dzisiejszej ulicy Tuwima. Wcześniej pełniła funkcję kościoła przyszpitalnego, dzisiaj nieistniejącego, znajdującego się przy trakcie do Szczecina, poza murami miejskimi. Budynek pochodzi najprawdopodobniej z pierwszej połowy XV w., powstał z cegły. Pierwsze wzmianki o świątyni odnajdujemy w 1492 roku. W 1610 r., po reformacji, budynek został odnowiony i ponownie rozpoczęto odprawianie w nim nabożeństw, ale w 1681 r. jego część (wieża, sklepienie) uległy zniszczeniu w wyniku pożaru. W 1689 r. odbudowy został kopulasty dach z latarnią. W 1912 r. rozpoczęto ręczne przenoszenie budynku do obecnej lokalizacji. Proces zakończono w 1913 r. Przenosiny były efektem rozpoczętej w 1903 roku rozbiórki wspomnianego wcześniej szpitala. Już w Polsce w 1960 r. dotychczasowe dachówki zastąpiono gontem.

19 marca 2020 roku, biskup koszalińsko-kołobrzeski Edward Dajczak, przekazał kościół na wyłączność duszpasterstwu Tradycji katolickiej. Kościół  został przystosowany do odprawienia  liturgii w tradycyjnym rycie rzymskim. Wcześniej świątynia służyła jako sala wystawowa klubowi plastyka-amatora im. S. Morawskiego działającemu przy Słupskim Ośrodku Kultury.

Od lipca 2022 do maja 2023 roku w kościele trwały prace remontowo-budowlane podczas których odnowiono wnętrze kościoła oraz wybudowano nowy, stylizowany na gotycki, ołtarz. Dzięki pomocy wiernych pojawiły się ławki, konfesjonał, chrzcielnica.