Ściśle związany z kościołem św. Mikołaja klasztor zbudowano pod koniec XIII wieku, po tym, jak w 1281 roku książę Mściwoj II nadał zakonowi norbertanów w Białobokach nad Regą miejsce w Słupsku na klasztor i kościół św. Mikołaja. Liczne nadania z XIII wieku uczyniły zakon jednym z największych i najbogatszych posiadaczy ziemskich na terenie ziemi słupskiej. Poza zwolnieniem od opłat celnych dodatkowo istniały jeszcze przywileje rybołówstwa, młynarstwa, górnictwa i łowiectwa z prawem do polowań na bobry.

Głównym celem działalności zakonników była praca duszpasterska, szerząca wiarę chrześcijańską, w której pomocniczą funkcję spełniały siostry norbertanki z zakonu słupskiego. Zakonnice opiekowały się ubogimi oraz prowadziły działalność duszpasterską w parafiach należących do zakonu. Prepozyt zakonu był także proboszczem w kościele Mariackim, a od 1311 roku klasztor otrzymał również patronat parafialny w całej ziemi słupskiej: Bytów, Cetyń, Stowięcino, Gardna, Łupawa, kościoły św. Piotra i św. Mikołaja w Słupsk

Początkowo przylegające do północnej strony kościoła budynki klasztorne zbudowane były z drewna i kryte słomą. W XIV wieku zabudowania zastąpiono, nowymi, murowanymi na kamiennym fundamencie budynkami, które powstały prawdopodobnie jednocześnie z kościołem. Był to dwukondygnacyjny, dwuskrzydłowy obiekt zestawiony pod kątem rozwartym i odpowiadający zarysowi znajdującego się za nim muru obronnego. Pomiędzy murem miejskim a zabudowaniami klasztornymi biegła wąska uliczka - Holstentormauerstr. (później Kręta, dziś nie istnieje). Budynek klasztoru i kościoła znalazł się wówczas na skraju średniowiecznego układu urbanistycznego.

W 1534 roku wprowadzono religię luterańską, a dobra klasztorne przejął książę Barnim XI. Miasto wraz z cesarzem Karolem V było przeciwne takiemu obrotowi sprawy. Mimo nakazów i gróźb, książę ostatecznie w 1569 roku przejął klasztor i posiadłości ziemskie norbertanek, a dwór proboszcza klasztornego zlikwidowano. Ponadto zredukowano liczbę sióstr zakonnych. Dobra poklasztorne stanowiły odtąd źródło dochodów na rzecz kościoła Mariackiego i szkolnictwa miejskiego, a klasztor norbertanek przekształcono na instytut dla szlacheckich i pochodzących z bogatych domów panien. Dziewczęta poza zajmowaniem się klasztorem uczyły się katechizmu, wychowania, czytania, pisania oraz prac kobiecych.

W 1665 roku w pożarze miasta spłonął klasztor wraz z przylegającym kościołem. W latach 1673-1679 w oparciu o ocalałe mury budynki odbudowano. Drewno na odbudowę podarował książę elektor Fryderyk Wilhelm, a książę Ernest Bogusław von Croy podarował 1000 talarów. Także rycerstwo z okolic Słupska wyłożyło 1200 talarów na ten cel, a stany krajowe 200 talarów. Podczas pożaru starego miasta w marcu 1945 roku obiekty klasztorne przetrwały i jeszcze dwa lata później budynki, o które zabiegał Dekanat Rzymsko-Katolicki jeszcze stały. Niestety dawnego klasztoru nie przekazano i opuszczone budynki zaczęto w ciągu następnych lat rozszabrowywać z pozostałego umeblowania oraz drewna aż popadły w kompletną ruinę. Na początku lat 60. relikty starych murów klasztornych rozebrano na cegłę unicestwiając obiekt. Częściowo miejsce po gmachu dawnego klasztoru zajęła boczna przybudówka biblioteki.

Dziś budynek klasztoru norbertanek nie istnieje, jednak po klasztorze zachowały się dobra niematerialne - nawiązująca do dawnego klasztoru nazwy miejscowe: „most Dziewic” na rzece Słupi w ciągu ul. Kościuszki, w którego pobliżu norbertanki miały swe dobra; „klasztorne stawy” - stawy rybne położone przy ul. Św. Klary z Asyżu.