Drewniany kościół p.w. św. Mikołaja, patrona kupców, rybaków i żeglarzy istniał w Słupsku już w XIII wieku. Budowniczym i właścicielem kościoła był książę gdański Świętopełk II, który również utrzymywał kapelana sprawującego posługi duszpasterskie. W 1311 roku margrabiowie brandenburscy ufundowali dla norbertanek plac pod budowę kościoła i nowego klasztoru. Teren pod murowane budynki wyznaczono w sposób ścisły i była to wówczas północno-wschodnia rubież miasta. Budynek kościoła posadowiono na niewielkim wzgórzu, na lewym brzegu rzeki Słupi. Był jednonawowym, murowanym z cegły na kamiennym fundamencie budynkiem w stylu gotyckim, do którego z czasem dobudowano od zachodu wysoką wieżę o podstawie kwadratu i nakrytą płaskim dachem. W 1525 roku podczas reformacji kościół został splądrowany przez tłum mieszczan, co spowodowało rozproszenie pochodzących z niego dzieł sztuki religijnej. Po tych wydarzeniach kościół stał pusty do czasu, gdy zaczęli używać go ewangelicy. Niestety wielki pożar miasta w 1665 roku strawił doszczętnie całe wyposażenie świątyni. Po tym incydencie ze względu na brak środków kościół nakryto jedynie dachem. Do 1737 roku budynek odbudowano na zbór garnizonowy, a do tego wyposażono i umeblowano. Trzy lata później kościół zamieniono na magazyn i wozownię. Od jesieni 1759 roku do wiosny 1760 stacjonujące w Słupsku wojska rosyjskie używały kościoła jako cerkwi prawosławnej, miejsca kwaterunku i stajni dla koni. Później budynek służył jako magazyn i remiza strażacka. Z czasem kościół ponownie popadł w ruinę i był bliski zawalenia.

W 1771 roku pruski skarb królewski przekazał budynek miastu na potrzeby oświatowe. Władze Słupska zarządziły utworzenie szkoły dla ubogich dzieci i młodzieży, a podczas adaptacji wnętrze kościoła podzielono na trzy kondygnacje. Po przebudowie powstało 12 pomieszczeń dla uczniów, 6 kuchni i wiele izb lekcyjnych wraz z większą salą egzaminacyjną na pierwszym piętrze oraz mieszkaniem woźnego na parterze. Ponadto do wieży dobudowano okrągłą wieżyczkę schodową. Kolejna przebudowa objęła stare mury w 1819 roku, gdy urządzano w nich szkołę elementarną. Przebudowano wówczas cztery przypory ściany południowej, wejście frontowe, a także wymieniono okna. W 1834 roku szkołę dla ubogich rozwiązano, a w jej miejscu otworzono pierwszą wyższą szkołę żeńską, która gwałtownie się rozwijała. Z czasem mury dawnego kościoła były za ciasne dla dwóch szkół i w 1882 roku szkołę żeńską przeniesiono, a pod koniec XIX wieku rozwiązano szkołę elementarną. Na lata 1892-1893 przypadł remont, a w 1900 roku część dawnego budynku kościoła przeznaczono na szkołę specjalną dla dzieci upośledzonych umysłowo. Początkowo do zajęć wykorzystywano parter i pierwsze piętro. Z czasem na II piętrze urządzono warsztat i inne klasy szkoły specjalnej oraz dwie klasy dla żeńskiej szkoły średniej. Ciasnota w słupskich szkołach spowodowała, że swe klasy przenosiły tu również inne szkoły. W styczniu 1945 roku zajęcia przerwano ze względu na zimno spowodowane brakiem węgla, a szkołę specjalną wykwaterowano.

Podczas podpalenia śródmieścia w marcu 1945 roku kościół spłonął doszczętnie. Wnętrze i dach wypaliło się całkowicie, a po budynku pozostały jedynie mury konstrukcyjne i wieża. Przez ćwierć wieku obiekt znajdował się w ruinie, a w jego wnętrzu zalegały sterty gruzów. Na początku lat 60. zrodził się pomysł odbudowy gmachu na potrzeby biblioteki miejskiej i powiatowej. Odbudowa ruszyła w 1965 roku i trwała do 1970 roku. Równocześnie w latach 1966-1970 dobudowano pawilon z przeznaczeniem na bibliotekę dla dzieci i młodzieży. Uroczyste oddanie biblioteki nastąpiło 10 września 1971 roku. Nadano jej wówczas imię Marii Dąbrowskiej, a przy wejściu wmurowano kamienną tablicę. Miejska Biblioteka Publiczna działa tu do dziś, a budynek po ostatnich remontach prezentuje się okazale, a do tego otacza go zadbany park i zrewitalizowane mury miejskie.

Budynek, mimo wielokrotnych zniszczeń i odbudów do dziś zachował kształt podobny do pierwotnego. Od początku istnienia kościoła św. Mikołaja przy budowli był cmentarz parafialny. W 1796 roku miejsce pochówków zlikwidowano, a teren częściowo zajął ogród, a resztę podzielono na działki budowlane i sprzedano.