Budynek szkoły łacińskiej, zwanej partykularną usytuowany był na rogu dzisiejszych ulic Mikołajskiej i Łukasiewicza w pobliżu kościoła Najświętszej Marii Panny. W Europie szkoły łacińskie zaczęły powstawać od XIV wieku, a mieszkańcy Słupska mieli do dyspozycji jedną z najlepszych instytucji edukacyjnych w regionie Pomorza. Jej znaczenie wykraczało poza granice miasta, przyciągając młodzież z Lubeki, Hamburga, Gdańska, a także terenów Prus i Polski. Szkoła wyróżniała się wysokim poziomem nauczania, dzięki czemu Słupsk dał księstwu wielu wykształconych ludzi.

W 1537 roku liczba uczniów wynosiła aż 250, a liczba nauczycieli zwiększyła się z czterech do sześciu. Rektorem w tym czasie był Korneliusz Prusinus, znany z napisania dwóch podręczników szkolnych, które wydano drukiem w Gdańsku. Program nauki szkół łacińskich, realizowany był w czterech klasach i obejmował język łaciński, podstawy języka greckiego i arytmetykę oraz studiowanie katechizmu i Biblii. Zajęcia trwały od godziny 7:00 rano do 12:00, a z wyjątkiem środy również po południu. Budynek pełnił nie tylko funkcję edukacyjną – znajdowały się tam także mieszkania nauczycieli. W 1599 roku ukończono budowę nowego budynku szkoły, który wyróżniał się na tle miasta. Do szkoły przylegała wieżyczka, którą nakryto barokowym hełmem.

Z czasem wysoki poziom szkolnictwa słupskiego, cieszący się od wieków zasłużoną sławą, zaczął podupadać. Problemy wynikały z przestarzałego programu, który koncentrował się głównie na teologii i klasycznych tekstach starożytnych, z naciskiem na bezmyślne uczenie się ich na pamięć. Wojna trzydziestoletnia przyniosła nie tylko straty wśród uczniów, ale pochłonęła też rektora szkoły. W drugiej połowie XVII i na początku XVIII wieku problemy narastały – częste zmiany w kadrze nauczycielskiej oraz niski poziom wynagrodzenia wpłynęły na zmniejszenie liczby uczniów i pogorszenie jakości nauczania. Konflikty między nauczycielami a radą miejską oraz pastorem kościoła NMP, który sprawował nadzór nad szkołą, również odbiły się na jej funkcjonowaniu. Nominacja W 1722 roku na rektora Christiana Schifferta zażegnała kryzys. Jako absolwent Wydziału Teologicznego Uniwersytetu w Halle, przeprowadził reformę słupskiej szkoły, opierając jej program i metody nauczania na wzorach z Halle. Dzięki temu wzrosło zapotrzebowanie na edukację i potrzeba utworzenia piątej klasy oraz powołania piątego nauczyciela, który nauczał katechizmu i łaciny. W szkole kształciła się również młodzież szlachecka, dla której rektor Schiffert założył bursę w swoim domu. Po jego rezygnacji szkoła ponownie zaczęła podupadać. Na przełomie XVIII i XIX wieku liczba nauczycieli spadła do czterech, a w 1791 roku liczba uczniów wynosiła jedynie 171. Ostatecznie szkoła przestała działać w XIX wieku, a budynek przeznaczono na Wyższą Szkołę dla Dziewcząt, która w 1863 roku zatrudniała ośmiu nauczycieli. W 1882 roku, po wybudowaniu nowego liceum przy obecnej ulicy Niedziałkowskiego, przeniesiono tam Wyższą Szkołę dla Dziewcząt. Opustoszały budynek szkolny, ze względu na poważny brak miejsca w ratuszu miejskim na Starym Rynku, przystosowano dla potrzeb części administracji miejskiej. Tu obradowała Rada Miejska, mieścił się Urząd Miar i Wag oraz Miejski Urząd Budowlany. Po przeniesieniu tych instytucji do nowego gmachu ratusza w 1901 roku budynek ponownie się zwolnił, ale na krótko. Po tym, jak 22 kwietnia 1901 spłonął budynek Starostwa Powiatowego, Zarząd Powiatu wynajął gmach dawnej szkoły na tymczasową siedzibę dla biur Starostwa i dwóch powiatowych kas oszczędności. Zawarto z Magistratem umowę najmu budynku na okres od 1 lipca 1901 do 1 października 1903 roku. Po wyprowadzeniu się starosty i jego urzędników w budynku ulokowano przedszkole, a następnie szkołę handlową i szkolę średnią.

W marcu 1945 roku, podczas pożaru miasta wywołanego przez działania wojenne po wkroczeniu Armii Czerwonej, budynek uległ zniszczeniu. W 2001 roku, w czasie prac ziemnych na ulicy Łukasiewicza, odnaleziono tablicę poświęconą Heinrichowi von Stephanowi – absolwentowi słupskiej szkoły łacińskiej, jednemu z najbardziej znanych słupszczan i reformatorowi światowej poczty. Tablice wisiała do 1945 roku na murach kamienicy, a obecnie prezentowana jest w Muzeum Pomorza Środkowego w Słupsku.