Słupsk był jednym z pierwszych w Europie miast, gdzie zaczęto głosić luteranizm. Pierwszym kaznodzieją, który głosił w Słupsku kazania w duchu luterańskim był niewątpliwie Jan Krystian Ketelhut, uczeń Jana Bugenhagena. Przybył on do Słupska w 1522 roku i został przydzielony do kościoła św. Mikołaja. Udało mu się pozyskać dla reformacji proboszcza parafii mariackiej, ks. Tomasza Hecketa. Obaj jednak wkrótce zmuszeni zostali przez księcia Bogusława X do opuszczenia miasta.

W listopadzie 1524 r. do miasta przybył Jan Amandus. Z jego inicjatywy odbyła się publiczna dysputa z duchowieństwem katolickim, która ostatecznie przekonała Słupszczan do luteranizmu, który od 1535 roku stał się wyznaniem panującym w Księstwie Pomorskim.

Reformacja w swoich głównych założeniach sprzyjała utrzymaniu świadomości narodowej wiernych. W owym czasie w Słupsku dominowała ludność niemiecka, co miało oczywisty wpływ na przeobrażenia dokonywane w liturgii kościelnej. Jednak dla zapewnienia opieki duszpasterskiej miejscowej ludności słowiańskiej ,podjęto szereg działań dla wprowadzenia i utrzymania języka polskiego w słupskich i podsłupskich świątyniach ewangelickich. W 1545 roku utworzono szkołę duchownych i bakałarzy, mających nauczać w miejscowej gwarze słowiańskiej. Nabożeństwa dla ludności kaszubskiej odbywały się w Słupsku do roku 1779. Ostatnim polskojęzycznym duchownym w mieście był ks. M.Ch. Wilcke. W regionie słupskim najdłużej dotrwały polskie nabożeństwa w Główczycach (1886) i w Klukach (ok. 1890).

W łonie Kościoła ewangelickiego w Słupsku zachodziły liczne zmiany o charakterze organizacyjnym. Dominujący w mieście luteranizm stał się elementem Zjednoczonego Kościoła Ewangelickiego zwanego Unijnym. Poza strukturami tego Kościoła ostały się grupki staroluteran, w przypadku Słupska skupione w dwóch różnych związkach wyznaniowych.

Korzenie ewangelicko-luterańskiej parafii św. Krzyża w Słupsku odnaleźć można w jego wiejskim otoczeniu. Ruchy religijne miały swój początek najpierw w dobrach okolicznych rodzin szlacheckich, które początkowo bardzo laickie, w części przyjęły świadomie profil luterski. Ten ruch kościelny wyznania luterańskiego promieniował na miasto i w nim znalazł swoje organizacyjne centrum. Sama parafia w mieście musiała jednak ciągle walczyć z wielkimi trudnościami przy budowie kościoła, plebani, oprawy zewnętrznej, by je następnie wypełnić dynamicznym życiem parafialnym.

Eduard Gaudian (1809-1843), nauczyciel domowy Puttkamerów w roku 1837 został ordynowany w Kościele luterańskim i powołany na pierwszego proboszcza parafii. Czasy prześladowań trwały do roku 1840. Po objęciu urzędu Fryderyk Wilhelm IV zarządził tolerancję wobec luteran, którzy odłączyli się od Zjednoczonego Kościoła Unijnego. W roku 1845 wydana została Koncesja Generalna, która wytyczyła ramy prawne dla rozwoju samodzielnego życia Kościoła.

W 1857 roku parafia luterańska w Słupsku stała się probostwem. 1 kwietnia tegoż roku, nowo utworzone probostwo otrzymało pierwszego proboszcza – pochodzącego z Badenii – Georga Friedricha Haaga (1806-1875). 12 sierpnia 1857 roku parafia słupska została uznana przez państwo. W tym samym roku parafia w Słupsku rozpoczęła budowę kościoła przy dzisiejszej ulicy Słowackiego 40 (Großer Aucker 40). W tym czasie liczyła ona ok. 100 członków. Położenie kamienia węgielnego odbyło się w rocznicę chrztu dr Marcina Lutra – 11 listopada, przy słabym deszczu, pod tęczą rozpościerającą się nad miastem. Długa historia budowy kościoła odzwierciedla ubóstwo parafii. Jako budulec wybrano jeszcze niezbyt popularny, nowy materiał – wapienne cegły pustakowe. To podobno tanie rozwiązanie okazało się dla parafii bardzo drogie. Kilkakrotnie zawalały się części budowy w stanie surowym. 15 sierpnia 1858 r., kiedy to świętowano zawieszenie wiechy jeszcze raz zawaliła się część budowli nad ołtarzem. Odnowienie podjęto już cegłami wypalanymi. Kościół musiał być praktycznie budowany od razu dwukrotnie. Ostatecznie został poświęcony 28 sierpnia 1859 r. Haag złożył swój urząd już w maju 1862 r., opuścił Słupsk i wrócił do swojej ojczyzny w Badenii. Probostwo osiągnęło w końcu lat 70-tych liczbę 718 parafian – najwyższą w swojej historii. Jednocześnie na początku lat 80-tych odczuło bardzo duże straty, kiedy to strukturalnie słabe tereny Pomorza ogarnęła fala uchodźstwa. Parafie wiejskie straciły wówczas 1/5 wyznawców, podczas gdy parafia miejska w Słupsku utraciła ich w latach 1882-86 niecałe 9%. Ciężka sytuacja życiowa na wsi popchnęła wielu do szukania szczęścia w Ameryce. Mimo tych strat mogła wreszcie zostać zbudowana w 1899 r. plebania przy ul. Drewnianej 4, podczas gdy już w roku 1873 zebrano na ten cel 980 talarów jako kapitał podstawowy. Ten skromny dom parafialny został znacznie rozbudowany w 1913 r.

Jedna z konfirmantek Brachmanna, Elisabeth Berndt (1869-1945) została w r. 1899 diakonisą w Gubinie, w r. 1903 została przełożoną tego domu diakonis i zarządzała nim przez 42 lata. W r. 1898 próbowano utworzyć Koło Młodzieżowe, które jednak nie miało siły przetrwania. Było to przyczyną, dla której nie podjęto prób pracy z zespołem puzonistów. Stale rozwijały się Stowarzyszenie Mężczyzn i Stowarzyszenie Kobiet, jak i Związek Młodych Kobiet, który z czasem rozwinął się w Związek Młodzieży. Działał również chór kościelny.

W roku 1934 na 75-lecie poświęcenia kościoła, które było uroczyście obchodzone 14 października z udziałem radcy Kościoła dr. Gottfrieda Nagla (Wrocław), dokonano gruntownego remontu budynku kościelnego. Otrzymał on wtedy nowy ołtarz z drzewa dębowego z reliefem przedstawiającym baranka z chorągwią Kościoła.

W roku 1937 urząd proboszcza objął Albrecht Stolle (1909-1945), który zarządzał parafią – obok pełnienia od 1942 r. służby wojskowej w administracji w Słupsku – aż do jej rozwiązania u końca II wojny światowej. Ostatnie nabożeństwa w kościele św. Krzyża w Słupsku odbyły się w święta Bożego Narodzenia 1944 roku. Potem Stolle został przeniesiony na front. Parafia rozwiązała się przez uchodźstwo i wysiedlenia. Plebania została spalona w czasie wkroczenia Rosjan.

Rok 1945 jest niezwykle ważny w dziejach słupskiego ewangelicyzmu. Z Kościoła większości stał się on malejącą przez wiele lat diasporą. Do 1945 roku w mieście działało 9 parafii Kościoła Ewangelicko-Unijnego oraz 2 parafie o charakterze staroluterskim. Po wojnie, a w zasadzie od 1947 do 1997 roku funkcjonowały w Słupsku tylko dwie parafie ewangelickie, które skupiały wiernych także spoza Słupska.

Zajęcie Słupska w 1945 roku przez wojska radzieckie stanowi równocześnie praktyczny koniec działania Kościoła ewangelickiego w jego dawnych strukturach na terenie miasta. Dotychczasowe parafie zostały pozbawione swoich świątyń i innych posiadanych obiektów. Duchowni w zdecydowanej większości opuścili miasto przed jego zajęciem, lub zostali aresztowani przez NKWD. W Słupsku – po zajęciu miasta – działalność prowadzili jedynie: wikariusz Ernst Giese, Drescher (Kreisjugendwart), Margarete Lohrenz (Jugendsekretärin), s. diakonisa Anna Schulz. Znacznie dłuższa w Słupsku i okolicach była działalność lektorów ewangelickich (świeckich odprawiających nabożeństwa). W Słupsku lektorem był Herman Tietz. Działał on aż do 1957 roku.

Duchowni polskiego Kościoła Ewangelicko–Augsburskiego pojawiać się zaczęli w Słupsku dopiero w 1947 roku. Wtedy to z inicjatywy dr Jana Posmykiewicza doszło do utworzenia zboru polskojęzycznego. Skupiał on początkowo około 800 osób, w tym 300 mieszkańców samego miasta. Wśród nich stosunkowo najliczniejsze grupy stanowili przesiedleńcy z okolic Suwałk, Warszawy i repatrianci zza wschodniej granicy. Nabożeństwa w języku polskim odprawiał dla nich ks. Edward Dietz z Sopotu. On też od marca 1947 r. przewodniczył polskojęzycznym nabożeństwom dla ludności autochtonicznej, tzw. Słowińców w Klukach. Nabożeństwa te tłumaczone były na język niemiecki przez miejscowego nauczyciela. Mniej zmian zachodziło wśród duszpasterzy parafii polskojęzycznej. Po przejściu na emeryturę ks. sen. Edwarda Dietza, administratorami parafii byli: ks. Michał Warczyński, ks. Tadeusz Raszyk i ks. Paweł Badura, pierwszy, który w 1985r. – jeszcze jako wikariusz – zamieszkał na terenie parafii. W omawianym okresie parafia utworzyła na terenie byłego województwa słupskiego dwa filiały: w Bytowie i Lęborku. Powstał także filiał w Koszalinie.

W okresie powojennym nabożeństwa luterańskie odprawiano w kilku świątyniach: w kaplicy przy ul. Długosza 22 (do 1954), w kościółku przy ul. Niedziałkowskiego 5 (od 1954 do 1977, obecnie Ośrodek Teatralny „Rondo”) i najdłużej (od października 1947) w kościele przy ul. Słowackiego 40.

W drugiej połowie 1997 roku nastąpiły poważne zmiany organizacyjne w łonie ewangelicyzmu na Pomorzu Środkowym. W miejsce dotychczasowych parafii podzielonych według kryteriów językowych (polski i niemiecki) powstały dwie parafie o charakterze terytorialnym: w Słupsku i Koszalinie. Proboszczem – administratorem obydwu parafii został od 1 listopada 1997 r. ks. Mirosław Sikora, urzędujący w Słupsku.

Wprowadzone zmiany wytworzyły nową sytuację w łonie słupskiego ewangelicyzmu. Słupska parafia stała się jedną z nielicznych w Polsce wspólnot dwujęzycznych. Nabożeństwa odprawiane są oddzielnie po niemiecku i po polsku. Na wspólnych posiedzeniach zbiera się Rada Parafialna, razem organizowane są lekcje religii. W latach 2002 – 2005 funkcje duszpasterskie w Parafii sprawował ks. Marcin Makula. Obecnie, od 1 lipca 2005, duszpasterzem jest ks. Wojciech Froehlich. Od roku 2003 Kościół św. Krzyża przechodził gruntowny remont, ostatnim wykonanym etapem prac remontowych jest wykonanie nowej posadzki.

Fragmenty opracowań z „Ewangelicyzm na Pomorzu” PTH Słupsk 2001praca zbiorowa pod redakcją Jana Wilda; Volker Stolle: Staroluterska Parafia Św. Krzyża w Słupsku do roku 1945 oraz Jan Wild: Słupski ewangelicyzm po 1945 roku.